Die Qualitätsprüfung dient dazu, die Erfüllung bestimmter Bedingungen für Produkte festzustellen. Je nach den betrieblichen Anforderungen können Prüfungen zur Lieferanten- und Materialqualität erforderlich werden, die von der einfachen Prüfung von Art und Menge bis hin zu einer umfangreichen Qualitätsprüfung gehen können. Möglich ist eine Sicht oder Laborprüfung entweder einer Stichprobe oder der gesamten Menge. Die Vorgaben zur Stichprobenentnahme (Menge, Umfang, Prüfungsvorschriften) werden in der Regel im ERP-System oder in separaten Qualitätssicherungssystemen verwaltet. Qualitätsprüfungen haben Auswirkungen auf die Bestandsverwaltung im WMS (z. B. Umbuchung, Umlagerung, Verschrottung).