Die Kernfunktionen gehören zum minimalen Lieferumfang eines jeden WMS, wobei die konkrete Funktionalität unterschiedlich detailliert ausgeprägt sein kann. Die Kernfunktionen unterstützen – normalerweise ausschließlich durch Module des WMS-Anbieters – den Haupteinsatzbereich jedes WMS: die Prozesse vom Wareneingang bis zum Warenausgang sowie lagerrelevante Verwaltungsprozesse.