Bei der Negativ-Kommissionierung handelt es sich um ein Kommissionierverfahren, das zum Einsatz kommt, wenn von einer Bereitstelleinheit der Großteil der Artikel entnommen werden soll. Anstatt die benötigte Menge von der Bereitstelleinheit zu kommissionieren, wird die gesamte Bereitstelleinheit entnommen. Anschließend wird die nicht benötigte Menge als neue Bereitstelleinheit wieder eingelagert. Dieses Vorgehen kann zu einer erheblich verkürzten Kommissionierdauer für einzelne Positionen führen. Sind die Bereitstelleinheiten mittels Barcode o.ä. eindeutig identifiziert und im System hinterlegt, muss der Prozess systemseitig unterstützt werden und erfordert entsprechende Buchungen.

Beispiel: Auf einer Palette liegen 82 Kartons, von denen für einen Auftrag 80 Kartons kommissioniert werden sollen. Anstatt 80 Kartons zu entnehmen, wird die gesamte Palette entnommen. Nun werden die beiden überschüssigen Kartons abkommissioniert und auf einer neuen Palette wieder eingelagert. Die Palette mit den zwei Kartons bildet die neue Bereitstelleinheit.