Unter doppelt-/mehrfachtiefer Lagerung wird die Lagerung von zwei oder mehr Lagereinheiten (mit oder ohne Ladungsträger) hintereinander auf einem Lagerplatz verstanden. Werden die Plätze nicht materialrein oder chargenrein belegt, sind Strategien zur Umlagerung notwendig, die je nach Ausprägung des Lagers und der Fördertechnik mehr oder weniger komplex sind (z. B. Kanallager, Regallager, RBG mit 1 bis n ein-/mehrfachtiefen Lastaufnahmemitteln). Teilweise wird die Verwaltung der Bestände in diesem Umfeld daher auf eigenen Subsystemen der Lager-/ Fördertechniklieferanten durchgeführt. Dies trifft im Wesentlichen auf Kanallager, auf Lager mit RBG mit mehreren Lastaufnahmemitteln oder auf Shuttle-Systeme zu. Bei doppelt- oder mehrfachtiefen Lagern mit RBG-Einsatz wird die Lagerverwaltung häufig ohne diese Subsysteme ausgeführt. Die notwendigen Umlagerungen werden dann im WMS erkannt und über die MFS an die RBG gegeben. In diesem Fall können die Umlagerplätze anhand der nächsten Bewegungen gesteuert werden.