Lager bezeichnet die logische Zusammenfassung aller von dem WMS verwalteten Lagereinrichtungen, -flächen und die damit unmittelbar verbundenen Transporteinrichtungen und Verkehrsflächen sowie Arbeitsplätze, Fächer, Flächen, Silos, Tanks oder andere Einrichtungen, die zum Zweck der Lagerung, Handhabung oder Auftragsbearbeitung Lagergut aufnehmen können. Hierzu gehören auch die Wareneingangs- und Warenausgangseinrichtungen und -flächen. In der Regel ist ein Lager einem Standort zugeordnet, das heißt einem zusammenhängenden Grundstück. In besonderen Fällen können sich zusammenhängende Lagerprozesse (z. B. Ein- und Auslagerungen) aber auch über mehrere Grundstücke erstrecken. Sind mehrere solcher Lagerstandorte organisatorisch eng miteinander verknüpft, so spricht man von einem Lagerverbund, der in einem WMS als ein logisches Lager abgebildet werden kann.