Die Auftragsverwaltung dient der informationstechnischen Erfüllung von Kundenaufträgen oder der Produktionsversorgung durch das Lager. Hierzu übernimmt das WMS über eine Schnittstelle Lieferaufträge von einem übergeordneten System (z. B. ERP-System) oder ermöglicht die direkte Eingabe von Aufträgen in das WMS. In Sonderfällen ermöglicht das WMS die Zusammenfassung von mehreren Lieferaufträgen zu einem Sammellieferauftrag. Lieferaufträge bestehen aus einer oder mehreren Lieferauftragspositionen, die durch Lageraufgaben bearbeitet werden. Das Erfüllen einer Lageraufgabe wiederum erfolgt in konkreten Arbeitsschritten. Durch das Erfüllen aller Lageraufgaben zu einer Lieferauftragsposition entstehen Packstücke, aus denen Sendungen gebildet werden. Eine Sendung kann aus einem oder mehreren Packstücken (zusätzlich eventueller Ladehilfsmittel) bestehen, die an einen Warenempfänger adressiert werden. In der Regel liegt eine 1:1-Beziehung zwischen Lieferauftrag und Sendung vor; einige WMS bieten zusätzlich die Möglichkeit eines Lieferauftragssplits in mehrere Sendungen oder eine Zusammenführung mehrerer Lieferauftragspositionen. Die Zusammenfassung von Sendungen für den Transport, z. B. zu einem oder mehreren Empfängern, wird als Tour bezeichnet.
Im Rahmen der Schnittstellenkommunikation zwischen ERP und WMS werden die übermittelten Lieferaufträge auf Vollständigkeit und Konsistenz überprüft.
Anschließend erfolgt die Planungsfreigabe von Lieferaufträgen für die Verarbeitung im Lager.
Dies beinhaltet:
In der Regel erfolgt der Zugriff auf den frei verfügbaren Bestand und die anschließende Reservierung der erforderlichen Mengen zur Erfüllung der regulären Lieferaufträge mittels Lageraufgaben. Sonderauftragsarten erlauben in komplexeren Umgebungen auch den Zugriff auf andere Bestandsqualifikationen, z. B. Zugriff auf Kundeneinzelbestände, Konsignationsbestand oder auf QS-Bestand für die Rückführung zum Lieferanten. Für die Zuteilung von Beständen werden zudem Strategien für eine optimierte Auslagerung berücksichtigt (z. B. First-In-First-Out, Last-In-First-Out, Auslagerung nach Menge, Auslagerung nicht zu kommissionierender Ware kurz vor dem Versandzeitpunkt, etwa Ganzgebindeentnahme).
Bei der Abarbeitung der Lieferaufträge kann eine Vorberechnung der Packstücke erfolgen. Dabei wird unter Berücksichtigung von Gewicht und Volumen sowie möglicherweise Gefahrgutdaten oder anderen Faktoren ein Algorithmus genutzt, um die Anzahl und Verpackung von Packstücken zu optimieren.
Bei der Sendungsbildung wird überprüft, ob für einen Empfänger mehrere Packstücke vorliegen, die zusammengeführt werden können. Die Sendungsbildung erfolgt entweder fortlaufend oder nachträglich. Bei der fortlaufenden Sendungsbildung wird bei jedem neuen Packstück geprüft, ob bereits eine Sendung mit gleichem Warenempfänger besteht. Ist dies der Fall, wird das Packstück bei ausreichender Kapazität an die bereits bestehende Sendung angehängt. Bei der nachträglichen Sendungsbildung erfolgt erst mit Bildung der Ladung eine Überprüfung, welche Packstücke zusammengehören. Dementsprechend werden sie auch erst zu diesem Zeitpunkt zusammengeführt.
Im Anschluss an die Planungsfreigabe erfolgt die Freigabe für die physikalische Abarbeitung der Lageraufgaben.