Unter einem Auftrag versteht man eine vom Kunden definierte Anforderung bestehend aus einer oder mehrerer Auftragspositionen. Diese enthalten eine Kombination aus gewünschter Menge und Artikel mit zusätzlichen Angaben wie Lieferbedingungen oder Terminen. Hierzu übernimmt das WMS über eine Schnittstelle Aufträge von einem übergeordneten System (z. B. ERP-System) oder ermöglicht die direkte Eingabe von Aufträgen in das WMS. In Sonderfällen ermöglicht das WMS die Zusammenfassung von mehreren Lieferaufträgen zu einem Sammellieferauftrag.