Die Bestandsverwaltung umfasst Funktionalitäten und Methoden zur Verwaltung und Findung gleicher sowie unterschiedlicher Lagerbestände. Lagerbestände können auf Lagerplätzen, Ressourcen (z. B. Gabelstapler, Kommissionierwagen, Regalbediengerät) oder Transporteinheiten (z. B. Lkw, Zugwaggons) geführt werden. Zur Unterscheidung von Beständen nutzt das WMS bestandstrennende Eigenschaften, anhand derer Bestände eindeutig voneinander unterschieden werden können, z. B. Material, Charge, Mandant, Herkunftsland, Kundenauftrag oder Projekt. Eine weitere zentrale bestandstrennende Eigenschaft ist die Bestandsart. Anhand der Bestandsart wird festgemacht, ob sich ein Bestand beispielsweise im freien verfügbaren Bestand, gesperrten Bestand, Qualitätsprüfbestand oder Zollbestand befindet. Darüber hinaus kann unterschieden werden, ob sich der Bestand in Einlagerung befindet oder schon am Lagerplatz. Wenn bei zwei Beständen die bestandstrennenden Eigenschaften gleich sind, können die Mengen der Bestände miteinander verschmelzen (z. B. bei Zulagerung auf einen Lagerplatz). Ansonsten können die Bestände anhand der bestandstrennenden Eigenschaften eindeutig auseinander gehalten werden. Projektspezifisch ist auch die Zusammenführung von Beständen unterschiedlicher bestandstrennender Merkmale möglich. Dabei ist festzulegen, welche Merkmale für den neuen Bestand wirksam werden. Mithilfe der Methoden der Bestandsfindung können anhand von Bestandsarten und Mandanten für bestimmte Lageraktivitäten Bestände selektiert werden. Die Bestandsfindung lässt sich für jedes Material separat bestimmen. Einen Spezialfall der Bestandsverwaltung bildet das Material, von dem zugeschnittene Basismengeneinheiten (z. B. Längen, Volumen, Flächen) nachgefragt werden. Hier ergibt sich bereits vor der Bearbeitung eine Einteilung in Restmengen und Zuschnitte. Beispiele dafür sind Holz-, Kabel- oder Glaszuschnitte. Das zugeschnittene Material wird daher als „Zuschnitt“ bezeichnet. Abweichend davon wird für Flüssigkeiten oder Schüttgüter von „Abfüllung“ gesprochen. Die Anforderungen an die Bestandsverwaltung und an die Entnahmestrategien müssen hierbei entsprechend berücksichtigt werden.