Unter der Zusatzfunktion Zoll wird die informationstechnische Unterstützung von Import- und Exportsendungen, verschiedener Zolllagertypen, Veredlungsverfahren, Berücksichtigung des Herkunftslands sowie Schnittstellen zu staatlichen Zollsystemen verstanden. Die Bearbeitung von Exportsendungen kann das Erstellen von besonderen Dokumenten sowie deren Handhabung erfordern. Der genaue Umfang und die Ausprägung der Zollfunktionalitäten hängen jeweils stark von landesspezifischen Vorgaben, den Sendungscharakteristiken oder vom Material ab.