Das Materialflusssteuerungssystem setzt teil- oder vollautomatische Materialflussoperationen um (früher: Materialflussrechnerebene). Es koordiniert, gegebenenfalls auch optimiert, die Reihenfolge von durchzuführenden Aufgaben und kontrolliert die Quelle-Ziel-Beziehungen, in der einzelne (Transport-)Aufträge, Prozesse usw. abgearbeitet werden. Dazu werden unterlagerte Steuerungen angesprochen. Die Materialflusssteuerung kann ein integriertes Modul eines WMS sein oder als separates Gewerk/System installiert werden. Ein Materialflusssteuerungssystem übernimmt alle Aufgaben der Transportverwaltung, eine spezielle Ausprägung der Transportverwaltung ist das Staplerleitsystem.