Die Chargenverwaltung bezieht sich insbesondere auf die funktionale Unterstützung der gesetzlich geforderten Rückverfolgbarkeit von Chargen gemäß Verordnung (EG) Nr. 178/2002. Erforderlich hierfür sind zunächst die Erfassung der Chargennummer im Wareneingang (Rückverfolgung vom Lieferanten) sowie die lagerplatzgenaue Verfolgung bei internen Transporten. Die Charge ist hierbei ein bestandstrennendes Merkmal. Falls die Charge das Lager bereits verlassen hat, ist eine Zuordnung zu den belieferten Kunden erforderlich (Verwendungsnachweis zum Kunden). Die „Umnutzung“ von freien Feldern (z. B. Mindesthaltbarkeitsdatum als Chargennummernfeld) reicht in der Regel nicht aus, denn so wäre es nicht mehr möglich, eine Charge mit Mindesthaltbarkeitsdatum zu verwalten.