Warehouse Control System (WCS) ist ein Rechnersystem, das in Kombination mit dem WMS arbeitet. Das WCS ist für einen effizienten (automatischen) Materialfluss mit unterschiedlichen Förderanlagen und -systemen, wie z .B. Regalbediengeräte und Sorters, innerhalb eines Lagers zuständig. Hierfür werden notwendige Informationen mit dem Host bzw. dem WMS ausgetauscht und parallel Analysen und Echtzeitüberwachung durch Datensammlung ermöglicht.