Als Mehrlagerfähigkeit wird die Unterstützung von mindestens zwei räumlich und organisatorisch getrennten Lagerstandorten durch ein WMS bezeichnet. Wichtig ist hierbei, dass eine Bestandsübersicht pro Lagerstandort und eine Übersicht des Gesamtbestands aller Lagerstandorte angezeigt werden kann. Darüber hinaus muss es möglich sein, einen Nachschub oder eine Konsolidierung zwischen den einzelnen Standorten durchführen zu können.